胶质瘤中MAGE基因的生物信息学筛选分析及实验初步验证
作者：张鹏博1 刘畅1 张庆梅1 陈芳2 李枫2 李冰滢2 农蔚霞2 肖绍文1
单位：1. 广西医科大学第一附属医院2. 广西医科大学
目的筛选和验证与人脑胶质瘤相关的黑色素瘤抗原基因(Melanoma associated antigen genes,MAGE)家族成员。方法利用TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库筛选显著差异表达且预后相关的MAGE基因,进而通过LinkedOmics、STRING、GO和KEGG等相关生物信息学方法对其中差异表达最显著的基因进行表达相关基因及其蛋白互作和功能富集分析,最后收集30例胶质瘤组织,通过实时逆转录定量PCR(Reverse-transcription quantitative PCR,RT-qPCR)进行初步验证。结果从TCGA数据库共筛出MAGED4B和MAGEE1共2个差异表达且预后相关的MAGE基因,其中MAGED4B差异表达更加显著,故选择MAGED4B进行后续深入分析。Linkedomics中以相关系数≥0.3为标准,共获得527个MAGED4B表达相关基因,而STRING蛋白互作分析则显示SRC、SNRNP200、CHERP、DDX23、FYN、SF3A2、SETD1A、NRXN1、HNRNPM、DHX38、NOTCH1、SF1和FUS与MAGED4B相关度较高,进一步GO和KEGG富集结果表明MAGED4B的功能主要与微管蛋白定位,参与细胞分裂及细胞转录有关;最后qRT-PCR证实MAGED4B在胶质瘤中高表达。结论人脑胶质瘤组织高表达MAGED4B,其可能在胶质瘤的发生发展中发挥重要作用,可能成为胶质瘤预后和分子靶向治疗的靶点。
DOI：
10.19435/j.1672-1721.2021.01.001
关键词：
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所属期刊栏目：
论著
分类号：
R739.41
页码：
1-4
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